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故事讲述2017年，“The World”的续作“The World R:2”席卷世界，而由于设计缺陷而使R:2变成了无法无天的PK地带，而这部《.hack//G.U.TRILOGY》就是讲述发生在已变质的R:2世界里的悲剧故事。动画化阵容基本沿袭游戏阵容，原作游戏总指挥松山洋将担任动画监督

边见瑞纪的爷爷拥有一家古书店并且将它出租给了学者砚周。一日，瑞记偶然打开了一本名叫《蜘蛛怪异闻》的古书，没想到，一只娇小可爱的蜘蛛娘从中掉了出来。蜘蛛娘告诉瑞纪自己曾被一个阴阳师所救抚养长大，后又被封印在书中，而砚周就是那位阴阳师的转世。砚周很同情蜘蛛娘的遭遇，收留了她。但一名古籍师告诉砚周，蜘蛛娘是非常危险的生物，只要接近她就会在不知不觉中被迷惑从而丧生。 |不听劝告的砚周决定将蜘蛛娘送回到她的母亲所在的地方，那是一幢阴森的古宅，里面有一只巨大的蜘蛛正匍匐在黑暗中等待着它的猎物。

4年前的“黄昏”事件告一段落之后，THE WORLD再次出现了神秘事件，而发生的一切，都与4年前的相似。|　　受到玲奈的推动下，秀悟连说明书都没看就直接进入了THE WORLD。在对网络游戏发展惊讶之余，シューゴ遇到了各种各样的角色。等到レナ出现后，他们就开始了RPG游戏中最基本的工作---练级······而对限定角色产生兴趣的ミレイユ，一直尾随他们来到了怪物平原。　|　　对于游戏经验不足的シューゴ，很快就给打到重伤，幸好有レナ的帮助，还是可以轻松地解决怪物。在玲奈的抱怨下，秀悟不得不翻开说明书……　|

银河（Ginga）是一个单纯的，但精力充沛的乡村女孩，和父亲一起住在远离帝国首都的地方。当她得知她有机会成为年轻新皇帝的一个妾，并有可能成为他的正妻能管理皇帝其他所有的妻子时，银河就下了决心，说服她的父亲让她去。到那.之后，她见到了所有可能成为正妻的女孩，知道了她们每个人有不同的原因所以才来的。 所有都必须学会阅读和书写，学习她们国家的历史，并学习正确恰当的宫廷礼仪。||银河的热情往往让她有更多的麻烦而不是使她远离了麻烦，她知道了前国王的正妻不是现任国王的母亲，这位皇太后即将发动一场政变。

南波刑务所——位于海上孤岛的难攻不落巨大刑务所。没有任何人能从被强悍的看守以及世界最高水准的安保所守卫的这所刑务所当中逃脱……应该是这样！？|带着神秘枷锁的天才越狱囚犯·Jugo（囚犯编号15号）、喜欢女人的赌徒·Uno（囚犯编号11号）、爱打架的美食家·Rock（囚犯编号69号）、身患宿疾的阿宅·Nico（囚犯编号25号）。|集中在13舍13房的，有些奇怪的4名囚犯。为了阻止他们越狱，每天急速冲刺的最强看守双六一！！|个性丰富的囚犯、看守们的最高纯粹笨蛋物语，在此刑务所开幕！！

　　这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚。过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭，但人，神，魔三族共同战斗，作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来。接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半。二千年以后，世界始终和平安宁。　不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它。某一天，一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙。世界的均衡渐渐被打破。当巴哈姆特再次发出吼声之时，世界再次落入绝望的深渊。世界啊，毁灭吧！某个声音如此肯求着。

宇宙世纪 0079 年，SIDE 3「吉翁公国」正式对地球联邦政府宣战后将近一年时，在原本太空殖民卫星 SIDE 4「姆亚」的遗址「雷霆宙域」，一心想要夺回故土联邦军「姆亚同胞团」的「伊欧.弗莱明」少尉，与由战中失去肢体的吉翁军人所组成的实验狙击手部队「活死人师」的「戴瑞.罗伦兹」上士，各自怀着不同的目的与想法，爆发了激烈的攻防战……。

这是一个以占卜行业为主轴的小镇，国内憧憬著占卜师的少女们都在身处其中以成为「Urara」为目标而努力著。其中一位来自深山、名为「千矢」的少女也在因缘际会下来到这个小镇，并意外遇见三位同样以「枣屋」为目的地的可爱女孩「绀」、「小梅」和怕生的「信乃」，个性截然不同的4人，将一同在迷路町追踪各自梦想！

漫画研究部所属的爱、麻衣、美依，一边与逼近地球的邪恶侵略者战斗，一边和竞争对手在淘汰赛中战斗，然而还是一如既往地除了爱以外都没有在画漫画……

因为在风祭流传着未确认生物的情报，以及超自然的现象之类的似真非真的传闻。瑚太朗向超自然研究会的部长，千里朱音的求助，于是展开了涉及到瑚太朗认识的学生们的调查。对于瑚太朗来说，原本只是抱着一点冒险心态而已。只要能和热闹的伙伴们一起度过的话，这样就足够了。但瑚太朗还没有注意到，他将要探求那无人知晓的“真实”。