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小兰的朋友原子家（铃木财团）准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！

京都的舞鹤港口，日本海上自卫队正在举行难得的搭乘宙斯盾驱逐舰体验航海活动。柯南、小兰、毛利小五郎和少年侦探团等人当选，与全国各地聚集来的孩子们一起登上了这艘装载着日本最先进武器的宙斯盾驱逐舰，体验着在电子武装下的高科技舰船上展开的惊心动魄的航海。突然，巨大的爆炸声响起，紧张不安的气氛在舰内蔓延。宙斯盾驱逐舰在表演过程中居然发射出实弹?!不久，海面上漂浮着自卫队员的遗体!而凶手到底会是谁？

海报中我们看到被认为是已故的FBI警探“赤井秀一”的迷之男子，以及柯南和中枪的世良真纯。而真纯的台词说着：是他……吗？此前的预告片中狙击枪瞄准镜、某高塔的剪影等画面都和本次的海报相互呼应，看来这次剧场版终于要进主线了！剧情是否也能像TV版中“红与黑的对决”一样饱满刺激呢？让我们拭目以待！

主角埼玉正为找不到工作而发愁，在街上遇到了怪人为非作歹，就拼命打倒了怪人。由此埼玉开始努力锻炼，甚至头发因此掉光，最终成为了“最强的英雄”。但由于这种力量过于强大，使得埼玉往往不怎么出手便能解决怪兽，但他总感到深深的虚无感。有一天，名为杰诺的青年目睹了其英姿，并拜埼玉为师，从此将埼玉带入了立场和思维交锋的英雄的世界。

铃木次郎吉以远高于他人出价的3亿美金将梵高的名作《向日葵》拍下。这则梦幻大新闻向全世界播出，柯南与小兰也津津有味的看着转播。当正要征集专门保护《向日葵》的护卫队“七大武士”的时候，怪盗基德突然出现，宣战预告。就在此时，在一片骚动的会场上，出现了追随基德而来的高中生侦探工藤新一的身影。不久之后，载有《向日葵》的客机在飞往日本的途中受到了“白色身影”的突然袭击。飞机发生爆炸，画被盗走。围绕独一无二的珍宝，谎言与真实交织的艺术推理剧拉开序幕。

阳光明媚的一天，柯南、小兰以及少年侦探团的伙伴们随同毛利小五郎来到大阪，参加在当地举行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大赛。期间，他们还见到了彼此的好友服部平次和远山和叶。就在比赛进行中途，一封爆炸预告信送到电视台，警方迅速行动起来组织疏散。疏散一半时，爆炸突然发生，结果平次与和叶被困在建筑物中。而在一连串的混乱过后，一位皋月杯相关人员的尸体突然出现在众人面前。迷离的案情再度引起柯南的注意。

小晴，一个平凡的男孩，和有点不负责的妈妈——维达生活在热带的雨林中，每天都是在摘香蕉，打游戏，在学校和瞌睡老师与一群傻傻的同学打交道中度过。一天，小晴去摘香蕉，遇见了一奇怪而巨大的影子。当晚，维达带了一位可爱的小女孩——阿布回家。第二天，阿布变成了一个完成不同性格的人。毫不犹豫的吞下了小晴喜欢的小鸟，甚至吞下了小晴…… 在阿布的胃里，有着一个超现实的世界。小晴的恶梦生活也开始揭开了序幕。

某个漆黑之夜，日本警察内部遭间谍侵入。英国的MI6（英国陆军情报六局，即军情六处）、德国的BDN、美国的CIA（美国中央情报局）等各国情报机关，甚至FBI（美国联邦调查局）的机密数据都被窃取。千钧一发之际，安室透率领公安警察（公安调查厅）及时赶到。间谍夺车而逃。安室与其在高速公路上进行了激烈追逐，就在其它车辆也将被牵连其中而酿成惨案的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一的来福枪子弹击中，从公路上坠下。第二天，柯南一行人到东都水族馆游玩。刚刚翻新的水族馆盛况空前。在其特色卖点巨大摩天轮之下，柯南发现了一名独自站在

故事背景设定为20世纪90年代的半架空世界，国际佣兵化军事组织“秘银”与国际恐怖组织展开着战斗，而在这过程中身为秘银特工的少年相良宗介，与他任务中的保护对象——高中生少女千鸟要相遇并展开了一段冒险之旅。

因兴趣而开始做英雄的男人，埼玉。他通过3年的特训获得了无敌的力量，成为仅凭一击就能打倒任何敌人的英雄。他和偶然成为自己弟子的杰诺斯一起，开始在英雄协会正式展开英雄活动。在怪人发生率异常上升的同时，英雄协会想到大预言家皱巴巴婆婆留下的“地球完蛋了”的灾害的可能性，并准备开始研究对策。此时，对怪人感到憧憬的饿狼出现了。